设计要点：

目前，siRNA设计大都根据Tuschl的实验，要点如下：

    1.目标基因开放阅读框起始密码（“ATG”)下游75至100碱基位置开始，寻找“AA”二连序列后的19个碱基序列。（用非“AA”的“XY”序列后的19个碱基序列同样可以得到很好效果的siRNA）。
设计siRNA时不要针对5'和3'端的非编码区。

    2.分析获得的序列，选择GC比在40-55%之间的靶基因序列作为潜在优选。

    3.将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小鼠，大鼠等等）进行比较，排除和其他编码序列/EST同源的序列。例如使用BLAST等。

    4. 如果您选择shRNA，有报道显示9个寡核苷酸的环是最有效的。

    近来有报道显示，29nt的shRNA较23nt的效果更好。